樣品應(yīng)至少稀釋 2 倍，以避免出現(xiàn)稱為“樣品基質(zhì)效應(yīng)"(SME) 的現(xiàn)象，這是非線性稀釋響應(yīng)和不準(zhǔn)確數(shù)據(jù)的常見原因。當(dāng)樣品中的蛋白質(zhì)或其他成分影響抗體與其靶分子結(jié)合的能力時(shí)，就會(huì)發(fā)生這種情況。例如，蛋白質(zhì)可能與目標(biāo)分子結(jié)合，從而阻斷抗體的結(jié)合位點(diǎn)（圖 4A）。中小企業(yè)是已知和未知原因的結(jié)果。然而，通過適當(dāng)?shù)臉悠废♂專|(zhì)效應(yīng)可以忽略不計(jì)（圖 4B）。最佳稀釋度會(huì)根據(jù)樣品類型、實(shí)驗(yàn)和目標(biāo)分子而有所不同；因此，在運(yùn)行整個(gè)實(shí)驗(yàn)之前，用一些樣品優(yōu)化實(shí)驗(yàn)條件非常重要。一種可能不需要稀釋的樣品類型是尿液，因?yàn)樗牡鞍踪|(zhì)含量非常低。

對(duì)于血清和血漿以外的樣品，樣品稀釋前的原始總蛋白濃度應(yīng)至少為 1 mg/ml。然而，建議總蛋白濃度高于 2 mg/ml 以改善信號(hào)。這些濃度不包括可與條件培養(yǎng)基樣品一起使用的任何血清（例如胎牛血清）。重要的是，使用濃度低于 1 mg/ml 的條件培養(yǎng)基樣品仍可實(shí)現(xiàn)陣列上的高信噪比，因?yàn)樯锨逡旱牡鞍踪|(zhì)含量低于細(xì)胞和組織。個(gè)體之間血清和血漿中的蛋白質(zhì)濃度范圍很窄，平均總蛋白質(zhì)濃度約為 70 mg/ml。

不同的細(xì)胞和組織含有不同量的蛋白質(zhì)。因此，加載到陣列上的細(xì)胞、組織和樣品的量必須憑經(jīng)驗(yàn)確定。盡管如此，良好的起點(diǎn)是：每 100 萬個(gè)細(xì)胞或 10 mg 組織使用 500 µL 裂解緩沖液，在 100 mm 組織培養(yǎng)板中接種約 100 萬個(gè)細(xì)胞，并培養(yǎng) 5 天作為培養(yǎng)基樣品。

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